Il Madagascar è caratterizzato da una grande varietà di condizioni climatiche dovute alla notevole estensione dell'isola da nord a sud (oltre 1600 chilometri) e alla sua catena montuosa che la percorre per tutta la sua lunghezza. In generale la costa nord-orientale dell'isola è piuttosto umida mentre le zone centro-meridionali sono prevalentemente secche ed aride.
I mesi migliori per visitare il paese vanno da maggio a settembre durante il secco inverno malgascio. Ottobre e novembre, anche se più umidi, sono ottimi per chi desidera fotografare fiori ed animali. Assolutamente da evitare è il periodo compreso fra gennaio e marzo, caratterizzato da intense pioggie e, talvolta, da disastrosi cicloni.

Poichè il clima è tropicale viene consigliata la profilassi antimalarica specialmente se si visitano i parchi delle foreste pluviali. Fare molta attenzione a bere sempre acqua minerale e ad evitare i cibi crudi, specialmente le verdure.
I mesi fra giugno e settembre sono piuttosto freschi specialmente ad Antananarivo e sugli altopiani centrali, pertanto alla sera ed al mattino un leggero maglioncino può essere utile. Il versante sud-ovest gode di un clima caldo secco ed è abbastanza ventilato anche in questo periodo. Se si fa trekking o se si visitano i parchi nelle umide foreste è consigliabile indossare pantaloni lunghi e scarpe comode.